室町時代。北の果てのエミシ一族の村に暮らす青年アシタカは、村を襲ったタタリ神を退治した際に死の呪いを受けてしまう。呪いを絶つ方法を求め、西に向かって旅に出たアシタカは、やがて「タタラ場」と呼ばれる精錬所を目指すことになる。そしてその道中、森の中で犬神に育てられた少女サンと出会うが、人間を嫌うサンに森から去るよう警告される。やがてタタラ場へたどり着いたアシタカは、人間たちが生きていくために森を切り開いたことでサンと犬神の怒りを買っていることを知るが……。