ロボット生命体トランスフォーマーが暮らすサイバトロン星の地下都市。変形能力を持たない労働ロボットのオプティマスプライム（オライオンパックス）とメガトロン（D-16）は固い友情で結ばれ、いつかヒーローになることを夢見ていた。そんなある日、謎のSOSメッセージを発見した2人は仲間のバンブルビー（B-127）やエリータ-1とともに、侵入を禁止されている地上世界へ向かう。そこで恐ろしい陰謀の存在を知った彼らは、新たに授かった変形能力を使って危機に立ち向かうが、オプティマスプライムとメガトロンの正義感に少しずつ隔たりが生じ始める。
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