マイアミ市警の敏腕ベテラン刑事コンビ「バッドボーイズ」ことマイク・ローリーとマーカス・バーネット。ある日、彼らの亡き上司ハワード警部に、麻薬カルテルと関係があったという汚職疑惑がかけられる。無実の罪を着せられたハワード警部の汚名をすすぐべく独自に捜査に乗り出すマイクとマーカスだったが、容疑者として警察からも敵組織からも追われる身となってしまう。頼れるのはお互いだけという絶体絶命の状況のなか、上司が遺した「内部に黒幕がいる」というメッセージを胸に、2人はマイアミを離れて命がけの戦いに身を投じていく。