千年に一度、7日間だけ夜空に現れる“千年彗星”を見学しようと、移動遊園地“ポケモンパーク”に立ち寄ったサトシとピカチュウたち。そこで出会ったマジシャンのバトラーから、彗星が見えている間だけ眠りから覚め人間の願いを叶えてくれる伝説のポケモン“ジラーチ”のパートナーになるよう頼まれた仲間のマサトは、ジラーチを目覚めさせるのに一役買うが、実はバトラーにはある野望があったのだ。それは、ジラーチのパワーを使って古代ポケモン“グラードン”を蘇らせ、かつて自分を除名したマグマ団を見返してやろうと言うもの。それを知ったサトシたちは、バトラーの助手・ダイアンの手引きでジラーチを故郷のファウンスに帰すことにした。ところが、先回りしていたバトラーにジラーチが捕らえられ、“メタ・グラードン”が出現してしまう。