退魔の剣を携えた薬売りと唐傘による死闘、その後の火鼠との決戦を経て、大奥にようやく平穏が訪れたように見えた。しかし薬売りはいまだ消えない何かの気配を察知し、警戒を続けていた。そんな折、天子の正室である御台所・幸子が待望の男児を授かるが、間もなく赤子は亡くなってしまう。世継ぎを産むことで天子との形だけの夫婦関係を変えたいと望んでいた幸子は身も心も憔悴するなかで、大奥の存在を覆す謀略に巻き込まれていく。大奥内の信仰「御水様」の司祭である溝呂木北斗は、ことの成りゆきを神妙な面持ちで見つめていた。時を同じくして、まるで巨大な生き物が這いずるかのような不自然な地震が大奥内で頻発し、女中が身体をねじり潰され締め殺される怪事件が発生。駆けつけた薬売りの前に、大蛇の形を宿したモノノ怪・蛇神が姿を現す。(C)ツインエンジン