江戸・かぶき町で万事屋を営む坂田銀時は、スリで生計を立てる孤児の晴太と出会う。晴太は生き別れた母を捜しており、巨大な地下遊郭都市・吉原桃源郷で頂点に君臨する花魁・日輪こそが自分の母かもしれないと考えていた。法の力が及ばない吉原では、戦闘民族・夜兎族の中でも圧倒的な強さを誇る鳳仙がすべての利権を掌握しており、花魁たちもその支配下にあった。銀時と仲間たちは、ひと目でも母に会いたいという晴太の小さな願いをかなえるべく、壮絶な戦いに身を投じていく。(C)空知英秋／劇場版銀魂製作委員会