水の都・アルトマーレにやって来たサトシとピカチュウたちは、町の護神で、秘密の庭に隠されたこころのしずくと呼ばれる宝石を守っているラティオスとラティアスと言う伝説の兄妹ポケモンに出会う。ところが、その宝石を狙ってザンナーとリオンの姉妹盗賊が秘密の庭に侵入。こころのしずくを盗み、太陽の塔に設置された古代マシーンを使って強大なパワーを得ようとする。だが、悪しき心に触れたマシーンは暴走を始め、町は水没の危機に。