C.E.（コズミック・イラ）75年、巻き起こる独立運動やコーディネイターの排斥を訴える団体「ブルーコスモス」による侵攻など、戦いはまだ終わらずにいた。事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする世界平和監視機構「コンパス」が創設され、キラたちはその一員として各地の戦闘に介入していく。そんな折、ユーラシア連邦から独立した新興国ファウンデーションが、ブルーコスモスの本拠地へのコンパスの出動を要請し、合同作戦を提案してくるが……。
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