タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった土井先生が消息を絶った。山田先生と6年生が捜索を開始する一方、担任不在の1年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と尊奈門が教壇に立つことに。そんな中、きり丸は偶然にも、土井先生の置かれた状況を知る。やがて土井先生を探す6年生の前に、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼が出現。その顔は、なんと土井先生と瓜ふたつだった。
(C)尼子騒兵衛／劇場版忍たま乱太郎製作委員会