双子の配管工マリオとルイージは、キノコ王国でピーチ姫を助けながら、捕らわれた大魔王クッパの世話をしたり、みんなの困りごとを解決したりしていた。そんなある日、2人は新たな相棒となるヨッシーに出会う。そしてピーチ姫の誕生日パーティをきっかけに、クッパの息子であるクッパJr.が抱く邪悪な野望を阻止するため、宇宙を舞台にした新たな冒険の旅に出る。(C)Nintendo and Universal Studios. All Rights Reserved.