戦争によって「無(ゼロ)」となった日本を、ゴジラが「負(マイナス)」に叩き落としてから2年。もがき苦しみながらも復興を遂げ、ようやく取り戻したはずの日常に、再びゴジラが襲いかかる。人々はこの戦いを終わらせるべく、総力を結集して新たな作戦に乗り出す。
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